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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
31/01/2019 |
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Data da última atualização: |
14/02/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
TORATI, L. S.; TAGGART, J. B.; VARELA, E. S.; ARARIPE, J.; WEHNER, S.; MIGAUD, H. |
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Afiliação: |
LUCAS SIMON TORATI, CNPASA; JOHN BERNARD TAGGART, UNIVERSITY OF STIRLING, Scotland-UK; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; JULIANA ARARIPE, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ, Bragança-PA; STEFANIE WEHNER, MAX PLANCK INSTITUTE, Munich; HERVÉ MIGAUD, UNIVERSITY OF STIRLING, Scotland-UK. |
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Título: |
Genetic diversity and structure in Arapaima gigas populations from Amazon and Araguaia-Tocantins river basins. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genetics, v. 20, n. 13, Jan. 2019. |
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ISSN: |
1471-2156 |
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DOI: |
10.1186/s12863-018-0711-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: Arapaima gigas (Schinz, 1822) is the largest freshwater scaled fish in the world, and an emerging species for tropical aquaculture development. Conservation of the species, and the expansion of aquaculture requires the development of genetic tools to study polymorphism, differentiation, and stock structure. This study aimed to investigate genomic polymorphism through ddRAD sequencing, in order to identify a panel of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and to simultaneously assess genetic diversity and structure in wild (from rivers Amazon, Solimões, Tocantins and Araguaia) and captive populations. Results: Compared to many other teleosts, the degree of polymorphism in A. gigas was low with only 2.3% of identified RAD-tags (135 bases long) containing SNPs. A panel of 393 informative SNPs was identified and screened across the five populations. Higher genetic diversity indices (number of polymorphic loci and private alleles, Shannon?s Index and HO) were found in populations from the Amazon and Solimões, intermediate levels in Tocantins and Captive, and very low levels in the Araguaia population. These results likely reflect larger population sizes from less urbanized environments in the Amazon basin compared to Araguaia. Populations were significantly differentiated with pairwise FST values ranging from 0.086 (Amazon × Solimões) to 0.556 (Amazon × Araguaia). Mean pairwise relatedness among individuals was significant in all populations (P < 0.01), reflecting a degree of inbreeding possibly due to severe depletion of natural stocks, the species sedentary behaviour and possible sampling biases. Although Mantel test was not significant (P = 0.104; R2 = 0.65), Bayesian analysis in STRUCTURE and discriminant analysis of principal components (DAPC) showed populations of Amazon and Solimões to be genetically differentiated from Araguaia, with Tocantins comprising individuals from both identified stocks. Conclusions: This relatively rapid genotyping by sequencing approach proved to be successful in delineating arapaima stocks. The approach and / or SNP panels identified should prove valuable for more detailed genetic studies of arapaima populations, including the elucidation of the genetic status of described discrete morphotypes and aid in delivery of conservation programs to maintain genetic diversity in reservoirs across the Amazon region. MenosBackground: Arapaima gigas (Schinz, 1822) is the largest freshwater scaled fish in the world, and an emerging species for tropical aquaculture development. Conservation of the species, and the expansion of aquaculture requires the development of genetic tools to study polymorphism, differentiation, and stock structure. This study aimed to investigate genomic polymorphism through ddRAD sequencing, in order to identify a panel of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and to simultaneously assess genetic diversity and structure in wild (from rivers Amazon, Solimões, Tocantins and Araguaia) and captive populations. Results: Compared to many other teleosts, the degree of polymorphism in A. gigas was low with only 2.3% of identified RAD-tags (135 bases long) containing SNPs. A panel of 393 informative SNPs was identified and screened across the five populations. Higher genetic diversity indices (number of polymorphic loci and private alleles, Shannon?s Index and HO) were found in populations from the Amazon and Solimões, intermediate levels in Tocantins and Captive, and very low levels in the Araguaia population. These results likely reflect larger population sizes from less urbanized environments in the Amazon basin compared to Araguaia. Populations were significantly differentiated with pairwise FST values ranging from 0.086 (Amazon × Solimões) to 0.556 (Amazon × Araguaia). Mean pairwise relatedness among individuals was significant in all populations (P < 0.01), reflecting a d... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Araguaia; Tocantins. |
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Thesagro: |
Arapauma Gigas; Conservação; Genética Animal; Pirarucu. |
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Thesaurus Nal: |
Amazonia; Aquaculture; Arapaima gigas; Fisheries; Rivers; Species diversity. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/191822/1/CNPASA-2019-bmcgenetics.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 1. |  | OLIVEIRA, E. dos S. de; AVELAR, A. de S.; CASTRO, I. M. de; SANTELLI, R. E. Indicadores geoambientais de qualidade das águas na Bacia do Córrego Sujo, Médio Vale do Rio Paraíba do Sul, Teresópolis (RJ). In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 17., 2008, Rio de Janeiro. Manejo e conservação do solo e da água no contexto das mudanças ambientais. Rio de Janeiro: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro: Embrapa Solos; Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2008. 1 CD-ROM. (Série Documentos, 101).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 2. | | SANTOS, M. C. B.; KEDE, M. L. F. M.; MOREIRA, J. C.; MAVROPOULOS, E.; ROSSI, A. M.; BERTOLINO, L. C.; PEREZ, D. V.; SANTELLI, R. E.; BIELSCHOWSKY, C.; SOARES, R. Avaliação da toxicidade e comportamento geoquímico do chumbo em solos contaminados de Santo Amaro da Purificação (BA) após atenuação por fósforo. Revista Virtual de Química, Niterói, v. 9, n. 5, p. 2135-2150, set./out. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 3. | | SOARES, R.; ESCALEIRA, V.; CAMPOS, D. V. B. de; MONTEIRO, M. I. C.; CARNEIRO, M. C.; SANTELLI, R. E.; BERNARDI, A. C. de C. Comparação de métodos convencional e alternativo para determinação de sódio, potássio e fósforo em extratos de solos obtidos com solução de MEHLICH-1. Revista Brasileira de Ciência do Solo, v. 36, n. 1, p. 105-112, fev. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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| 4. | | SOARES, R.; ESCALEIRA, V.; CAMPOS, D. V. B. de; MONTEIRO, M. I. C.; SANTELLI, R. E.; BERNARDI, A. C. de C. Comparação de métodos convencional e alternativo para determinar Cu, Fe, Mn e Zn em extratos de solos obtidos com solução de MEHLICH-1. Revista Brasileira de Ciência do Solo, v. 37, n. 3, p. 707-714, jun. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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| 5. | | SOARES, R.; ESCALEIRA, V.; MONTEIRO, M. I. C.; CARNEIRO, M. C.; SANTELLI, R. E.; BERNARDI, A. C. de C. Comparação de técnicas analíticas para a determinação de sódio, potássio e fósforo em amostras de solos tropicais. In: ENCONTRO NACIONAL DE QUÍMICA ANALÍTICA, 15.; CONGRESSO IBEROAMERICANO DE QUÍMICA ANALÍTICA, 3., 2009, Salvador, BA. Anais... Salvador: SBQ: UFBA, 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 6. | | SOARES, R.; ESCALEIRA, V.; MONTEIRO, M. I. C.; PONTES, F. V. M.; SANTELLI, R. E.; BERNARDI, A. C. de C. Uso de ICP OES e titrimetria para a determinação de cálcio, magnésio e alúminio em amostras de solos. Revista Brasileira de Ciência do Solo, v. 34, n. 5, p. 1553-1559, out. 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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| 7. | | SOARES, R.; MACHADO, W. T. V.; CAMPOS, D. V. B. de; MONTEIRO, M. I. C.; FREIRE, A. S.; SANTELLI, R. E. Avaliação da aplicabilidade de índices de poluição aquática: estudo de caso no Rio Paraibuna (Juiz de Fora, MG, Brasil). Revista Virtual de Química, Niterói, v. 8, n. 6, p. 2105-2122, nov./dez. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 8. | | SOARES, R.; MADDOCK, J. E. L.; CAMPOS, D. V. B. de; MADARI, B. E.; MACHADO, P. L. O. de A.; SANTELLI, R. E. Avaliação da estabilidade de agregados em marcadores ambientais terrestres do Antropoceno submetidos a diferentes períodos de pousio. Revista Virtual de Química, v. 10, n. 6, p. 1693-1718, nov./dez. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Solos. |
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| 9. | | SOARES, R.; MADDOCK, J. E. L.; CAMPOS, D. V. B. de; MADARI, B. E.; MACHADO, P. L. O. de A.; SANTELLI, R. E. O papel das Terras Pretas de Índio no Antropoceno. Revista Virtual de Química, v. 10, n. 6, p. 1659-1692, nov./dez. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 10. | | SOARES, R.; MADDOCK, J. E. L.; CAMPOS, D. V. B. de; MADARI, B. E.; MACHADO, P. L. O. de A.; SANTELLI, R. E. Seriam as Terras Pretas de índio marcadores ambientais da Idade Meghalayan ou da Época do Antropoceno? In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 42., 2019, Joinville. Eixos mobilizadores em Química: programa e resumos. São Paulo: Sociedade Brasileira de Química, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Solos. |
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| 11. | | SOARES, R.; SANTOS, M. C. B.; MADDOCK, J. E. L.; BERTOLINO, L. C.; SANTELLI, R. E.; CAMPOS, D. V. B. de. Água-régia como extrator alternativo para o diagnóstico ambiental de áreas impactadas por resíduos industriais: estudo de caso Centres (Queimados, RJ). Engenharia Sanitária e Ambiental, v. 23, n. 5, p. 995-1000, set./out. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 12. | | SOARES, R.; SANTOS, M. C. B.; MADDOCK, J. E. L.; MACHADO, W.; BERTOLINO, L. C.; CAMPOS, D. V. B. de; FREIRE, A. S.; SANTELLI, R. E. Potential mobility and toxicity risk of metal pollutants in soils from a tropical area affected by industrial wastes. Revista Internacional de Contaminación Ambiental, v. 36, n. 4, p. 857-864, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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| 13. | | SOARES, R.; SANTOS, M. C. B.; MADDOCK, J. E. L.; MACHADO, W. T. V.; BERTOLINO, L. C.; CAMPOS, D. V. B. de; FREIRE, A. S.; SANTELLI, R. E. Avaliação do risco ambiental e comportamento geoquímico de metais em área impactada por resíduos industriais em Queimados (RJ). Revista Virtual de Química, Niterói, v. 9, n. 5, p. 2151-2176, set./out. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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